L'année suivante, aux côtés du Président Félix Houphouët-Boigny, en tant que Premier Ministre et Chef du Gouvernement, numéro deux du Bureau Politique, il participe à la désignation des membres des instances du PDCI- RDA.
 
Outre le fait  qu'il a effectué de nombreuses missions au nom du Président Félix Houphouët-Boigny et représenté la Côte d'Ivoire à différents sommets de Chefs d'Etat, il a eu à assurer l'intérim du Président de la République pendant 18 mois entre 1990 et 1993.
Le plus long intérim a été  la période de la maladie du Président Félix Houphouët-Boigny de Mars 1993 à Décembre 1993.

L'histoire retiendra qu'il a su maintenir la paix et la stabilité dans le pays et préserver la cohésion nationale durant toute cette période.

La complicité entre le père et le fils

Complicité. C'est le mot qui traduit le mieux les relations qu'ont entretenus le Président Félix Houphouët- Boigny et son Premier Ministre Alassane Ouattara.

Impressionné  par l'intelligence et la loyauté de son Premier Ministre, le Président Félix Houphouët-Boigny  en a fait son premier confident et son principal conseiller même sur des problèmes personnels.

Honoré par cette grande confiance, le Premier Ministre Ouattara  l'a toujours considéré comme un père.  Il respectait l'homme autant pour sa vision  pour la Côte d'Ivoire que pour la considération qu'il avait pour l'être humain.

Ils se concertaient en permanence et échangeaient sur  tous les sujets.

Il n'était pas rare de voir le Président Félix Houph ouët-Boigny  et son Premier Ministre déjeuner  souvent ensemble, deviser tard la nuit ou assister à la messe le dimanche dans la petite chapelle de la  Résidence du Chef de l'état.

Cette complicité ne s'est pas démentie pendant les années où  M. Alassane Ouattara à assumer les missions de Premier Ministre, Chef du Gouvernement et d'intérimaire du Président de la République.

Aussi, pendant  l'intérim qu'il a assuré  dans la paix, Le Premier Ministre Ouattara   se faisait le devoir de rendre visite une fois toutes les deux semaines au Président Félix Houphouët-Boigny  soit à Paris, soit à Genève.

Le rythme de visites s'est accentué quand le Président Félix Houphouët-Boigny  a été transporté à Yamoussoukro le 19 novembre 1993.

De gra nds moments d'émotion  ont attesté de la qualité des relations entre les deux hommes et chaque séparation était un véritable déchirement.