Il va participer pleinement à la vie politique ivoirienne.

Son parti, le RDR a des représentants  dans le gouvernement de transition mis en place  après le coup d'état du 24 Décembre 1999.
 
Mais, pour ne pas cautionner les dérives dictatoriales du régime militaire, Alassane Ouattara retire en Mai 2000 ses Ministres du Gouvernement.

Dès lors  ses relations avec le régime militaire deviendront tendues. Il   va s'avérer comme un des grands critiques du projet constitutionnel qui a consacré la  catégorisation du peuple ivoirien.